DGE测序
 

接纳高通量测序研讨特定构造特定形态下基因的表达差别。

 
样本范例
total RNA
 
样本总量
≥ 2 μg
 
托付周期
35天(可加急)

服务引见

 

数字基因表达谱(DGE)是指对特定构造特定形态下接纳高通量测序研讨基因的表达差别,已被普遍用于生物标识表记标帜、疾病机制和药物挑选等方面的研讨。

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样本质检

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文库制备

上机测序

9159.com
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数据质控

数据阐发

技术参数

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测序战略

HiSeq,PE150

数据量

3 Gb

信息阐发

 

基本信息阐发

1

Reads QC/QA

2

比对到参考基因组

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3

基因表达程度阐发

4

差别表达基因挑选

5

差别表达基因的功用富集阐发(GO,KEGG)

6

差别表达基因PPI阐发

使用实例

 

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Chen EQ, et al. Employment of digital gene expression profiling to identify potential pathogenic and therapeutic targets of fulminant hepatic failure. J Transl Med. 2015 Jan 27;13:22.

细胞因子平衡和代谢活动都对爆发性肝功能衰竭(FHF)的开展至关重要。在这项研讨中,研究人员使用数字基因表达谱的高通量测序(DGEP)对一般和FHF小鼠的肝脏停止检测,在RNA-seq数据中检测到12727个基因,此中3551个基因是差别表达的。这些差别表达的基因次要到场代谢历程,生物分解历程和应对刺激和压力的反响,Pathway通路阐发一样显现这些候选基因富集于代谢、炎症和趋化因子旌旗灯号通路等。考虑到核因子-κB(NF-κB)的代谢调控对细胞存活和灭亡之间奇妙的均衡的重要作用,到场NF-κB路子的几个DEGS被选定用于尝试考证。比拟于一般比较组,NF-κBp65和它的抑止性卵白IκBα均明显增长了,NF-κB靶基因包罗肿瘤坏死因子α(TNFα),引诱型一氧化氮合酶(iNOS),白介素1β,趋化因子CCL3和CCL4也在急性肝衰竭的肝脏构造中增长。另外,NF-κB被胜利预受阻后,小鼠模子的肝脏病理损伤和死亡率有了明显改动。本研讨供给了FHF小鼠肝脏中基因表达的团体表面,并说清楚明了NF-κB基因作为潜伏的FHF医治靶标的可能性。

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一般和FHF小鼠肝脏mRNA表达谱测序

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