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转录组测序
 

特定构造或细胞在某一功用形态下转录的所有RNA的总和停止高通量测序。

 
样本范例
total RNA
 
样本需求量
≥ 2 μg
 
托付周期
45天(可加急)

服务引见

 

转录组(transcriptome)广义上指某一心理条件下,细胞内所有转录产品的汇合,包罗信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的汇合。转录组测序的研讨工具为特定细胞在某一功用形态下所能转录出来的RNA的总和,次要包罗mRNA和非编码RNA。转录组研讨是基因功用及构造研讨的根底和起点,经由过程新一代高通量测序,可以片面快速地得到某一物种特定构造或器官在某一形态下的险些所有转录本序列信息。

已普遍应用于根底研讨、临床诊断和药物研发等范畴。

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手艺流程

 

样本质检

文库制备

上机测序

数据质控

数据阐发

技术参数

 

仪器平台

HiSeq X,PE150

数据量

6 G及以上

信息阐发

  • 1Reads QC/QA
  • 2比对到参考基因组
  • 3mRNA 表达程度阐发
  • 4基于mRNA 表达程度的QC
  • 5基因差别表达阐发;差别表达基因挑选


  • 6差别表达基因的功用富集阐发(GO,KEGG)
  • 7差别表达基因的卵白功用富集阐发(Pfam,KOG等)
  • 8差别表达基因PPI阐发
  • 9特定功用的基因的差别表达状况


  • 10基因共表达阐发
  • 11可变剪切阐发
  • 12新转录本猜测
  • 13SNP/InDel 阐发
  • 14交融基因阐发


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Yasuda, T., et al., Recurrent DUX4 fusions in B cell acute lymphoblastic leukemia of adolescents and young adults. Nature genetics, 2016.

研究人员操纵HiSeq对73名得了B细胞急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、T细胞ALL以及滥觞不明ALL年轻人的AYA-ALL(15~39岁)样本(所有患者属于白血病亚型,该亚型病例的特性是缺失BCR-ABL1交融大概费城染色体)停止了RNA测序阐发,发明了十几个新的候选交融基因。将RNA测序和RT-PCR相结合,该团队研讨了分外61例BCR-ABL1交融阳性的B细胞ALL患者样本三种最常见新交融的发生率,包罗DUX4, ZNF384或MEF2D。最常见的交融是DUX4基因的反复序列插入免疫球蛋白IGH位点,该交融在10个样本中存在。固然DUX4交融仅在青年人患者中呈现,但ZNF384交融在该年龄段内更常见,而MEF2D交融在儿童患者人群和15~39岁B细胞ALL患者人群中都有检测到。后续的细胞系和小鼠模子尝试成果表白,DUX4-IGH交融可能会增进B细胞谱系向B细胞白血病的开展。

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图1. AYA-ALL中的交融基因

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图2. DUX4到场的染色体重组

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