ChIP-seq测序
 

操纵高通量测序停止全基因组范围内组蛋白或被转录因子分离的DNA地区研讨。

 
样本范例
ChIP以后的DNA
 
样本总量
≥ 20 ng
 
托付周期
45天(可加急)

服务引见

 

ChIP-seq是以染色质免疫共沉淀(ChIP)为根底,在全基因组范围内研讨组蛋白或被转录因子分离的DNA地区。

金沙贵宾会线路检测

手艺流程

 

ChIP富集DNA

文库制备

金沙贵宾会线路检测

上机测序

数据质控

数据阐发

技术参数

 

测序平台

HiSeq

数据量

10 M、20 M或40 M clean reads

金沙贵宾会线路检测

 
1

Reads QC/QA

2

比对到参考基因组

3

Frag-size prediction

4

Peak calling

5

Peaks统计

www.7727.com
6

Motif阐发

7

峰正文

8

有峰基因的功用富集阐发(GO,KEGG)

9

差别分离位点阐发;差别分离位点地点gene的功用富集阐发

使用实例

 

金沙贵宾会线路检测

Lin, C.Y., et al., Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins. Nature, 2016.

髓母细胞瘤(medulloblastoma)是一种儿童后颅窝恶性胶质瘤,基因组研讨提醒了四种差别的份子亚型及其差别的生物学和临床举动,此中以第四型最为常见。加强子,可经由过程cis(顺式)感化调控转录因子和染色质相干的调控复合物,同时能通报旌旗灯号给RNA聚合酶,从而调控靶基因的表达。调理髓母细胞瘤亚群的蓝图以及其与该病差别的来源有何干系,这些都是不清楚的。研究人员对H3K27ac,BRD4等卵白停止ChIP测序,分离构造婚配的DNA甲基化数据和转录组数据,提醒了28个原发髓母细胞瘤样本的活泼顺式调控模式。他们对差别的调控加强子和超等加强子的阐发进一步证明了髓母细胞瘤差别亚群间的异质性,同时也提醒了一个新型的脑肿瘤临床相干的生物学视角。经ChIP-seq考证,焦点调控网络的计算机重修肯定了一组形成亚型分化的次要转录因子,并表示了第四型的来源候选细胞。研究人员对一系列原发肿瘤样本中加强子元件的整合阐发提醒了髓母细胞瘤的表观调控差别以及差别亚型间存在差别的表观遗传机制,为分析疾病发作机制以及开辟特别的个体化疗法供给新的思绪。

1504342011891833.png

图1. 原发髓母细胞瘤的加强子图谱

9159.com

图2. 髓母细胞瘤亚型中差别调理的加强子

马上征询或预定检测服务
请挑选
  • 受检者
  • 研究人员
  • 大夫
  • 其他

您能够拨打400-158-5999 热线联络我们,大概填写您的联系方式和存眷的成绩,我们会实时与您获得联络