lncRNA测序
 

已有参考基因组物种的特定构造或细胞在某个特定期间转录出的所有lncRNA停止高通量测序。

 
样本范例
total RNA
 
样本总量
≥ 2 μg
 
托付周期
60天(可加急)

服务引见

 

lncRNA(long non-coding RNA)是一类长度超越200 nt的长链非编码RNA,普遍存在于各类生物体内。lncRNAs经由过程与DNA、RNA或蛋白质分离,在表观遗传、转录及转录后等程度调控基因表达。lncRNA测序是研讨已有参考基因组物种的特定构造或细胞在某个特定期间转录出的所有lncRNA。

手艺流程

 
www.7727s.com

样本质检

文库制备

上机测序

数据质控

数据阐发

技术参数

 

测序平台

HiSeq,PE150

测序深度

12 G及以上

4166com金沙

 
1

数据质控

2

参考基因组比对

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3

3.已知基因表达阐发

4

基因差别表达阐发

5

差别基因GO和KEGG富集阐发

6

可变剪切阐发

7

新lncRNA猜测

8

lncRNA靶标基因猜测

9

lncRNA和mRNA整合网络分析

使用实例

 

前列腺癌中的长链非编码RNA调控网络

Du, Z., et al., Integrative analyses reveal a long noncoding RNA-mediated sponge regulatory network in prostate cancer. Nature communications, 2016. 7.

长链非编码RNA是一类长度大于200 bp且没有卵白编码才能的RNA份子。前期研讨表白此类RNA份子能够经由过程本人内部之间和在内部跟可编码卵白RNA合作分离microRNA来组成一个庞大的调控网络。研究人员操纵生物信息和尝试手腕相结合的方法在前列腺癌细胞中对该网络停止了深化研讨,发明这些长链非编码RNA能够操纵这个网络对一些枢纽致癌基因停止调控,并操纵数据整合发掘的手腕构建出此调控网络结构图,并进一步证明了该网络中的两个长链非编码RNA、TUG1和之前功用未知的CTB-89H12.4能够经由过程次网络来调控癌基因PTEN进而实现抑止肿瘤细胞发展。研究人员还发明该长链非编码RNA的调控网络还跟RNA份子在细胞中的位置互相关注,比方散布于细胞核中和细胞质中的TUG1关于癌基因的调控感化其实不不异。经由过程本研讨中,研究人员在前列腺癌细胞证明了基于长链非编码RNA的新奇调控网络,为进一步提醒癌细胞内的基因互做网络打下了根底。

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图1. 猜测的前列腺癌中的lncRNA调控网络

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图2. 猜测lncRNA的突变谱和表达谱

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