全基因组甲基化测序
 

操纵高通量测序停止全基因组范围内的准确甲基化研讨。

 
样本范例
基因组DNA
 
样本总量
≥ 2 μg
 
托付周期
90天(可加急)

服务引见

 

全基因组甲基化测序是将重亚硫酸盐处置办法和Illumina HiSeq高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种停止全基因组范围内的准确甲基化研讨。用尺度Bisulfite办法处置DNA后,未甲基化的胞嘧啶C会脱氨基构成尿嘧啶U。颠末PCR扩增,尿嘧啶U交换为胸腺嘧啶T,而发作甲基化的胞嘧啶C连结稳定。经由过程Bisulfite处置序列与参考序列的比对,可对全基因组甲基化状况停止定量分析。

手艺流程

 

样本质检

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文库制备

上机测序

数据质控

数据阐发

技术参数

 

测序平台

HiSeq,PE150

数据量

90 GB

信息阐发

 
1

按尺度流程停止base calling、raw data数据收拾整顿及数据质量评价。

2

将Bisulfite处置样本与参考序列停止比对

3

统计C碱基的甲基化程度、笼盖度及在全基因组的散布趋向

4

全基因组甲基化图谱和甲基化差别区域分析(DMS,DMR和DMP)。

5

DMR及DMP的功用富集阐发(GO,KEGG,InterPro)

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Kretzmer, H., et al., DNA methylome analysis in Burkitt and follicular lymphomas identifies differentially methylated regions linked to somatic mutation and transcriptional control. Nature genetics, 2015. 47(11): p. 1316-1325.

固然伯基特淋巴瘤(Burkitt lymphomas)和滤泡淋巴瘤(follicular lymphomas)都具有生发中心B细胞的特性,但它们在生物学和临床上相当差别。本研讨中,研究人员对13个IG-MYC易位阳性Burkitt淋巴瘤,9个BCL2易位阳性滤泡淋巴瘤和4个一般生发中心B细胞样本中停止全基因组亚硫酸氢盐、基因组和转录组测序。比力伯基特和滤泡淋巴瘤样本的成果显现,基因内地区的差别甲基化与相干基因的表达激烈相干,比方,在生发中心暗区和亮区B细胞中有活性的基因。在伯基特和滤泡淋巴瘤中差别甲基化的地区的整合通路阐发成果显现DNA甲基化在大部分伯基特淋巴瘤中与磷酸鞘氨醇磷酸盐旌旗灯号传导通路的体细胞突变以及TCF3-ID3和SWI/SNF复合物互相协作。总而言之,研讨成果表白在Burkitt淋巴瘤和其他生发中心B细胞淋巴瘤中体细胞突变,DNA甲基化和枢纽B细胞通路中的转录调控之间严密相干。

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图1. 淋巴瘤细胞中的甲基化缺失

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图2. 差别甲基化地区

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