circRNA测序
 

经由过程对环状RNA停止高通量测序研讨circRNA的功用。

 
样本范例
total RNA
 
样本总量
≥ 10 μg
 
托付周期
70天(可加急)
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服务引见

 

环状RNA(circular RNAs,circRNAs)是一类新型非编码RNA,与传统非编码差别,环状RNA份子为封锁环状构造,因为对核酸酶不敏感,因而比线性RNA更加不变。经由过程与疾病联系关系的miRNA相互作用,circRNA在疾病中阐扬偏重要的调控感化。

手艺流程

 

样本质检

文库制备

上机测序

数据质控

数据阐发

技术参数

 

测序战略

HiSeq,PE150

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10 G

信息阐发

 
1

Reads QC/QA

2

circRNA的审定

3

circRNA定量

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4

circRNA表达差别阐发

5

差别 circRNA 滥觞基因富集阐发

6

miRNA 分离位点阐发

使用实例

 

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Zheng, Q., et al., Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs. Nature communications, 2016. 7.

环状RNA(circRNA)代表着一类普遍且多样的内源性RNA,它可调理真核生物的基因表达。在这里,研究人员天生了来自6种一般构造和7种癌症的RNA测序数据,检测了最少2.7万个候选circRNA。发明此中很多circRNAs在一般与癌构造之间呈差别表达。他们进一步肯定了源自HIPK3基因外显子2(Exon2)的一种丰硕的circRNA:circHIPK3的特性。成果显现缄默circHIPK3而非HIPK3 mRNA可明显抑止人类细胞发展。经由过程荧光素酶筛查阐发,研究人员观察到circHIPK3像海绵一样吸附分离了具有18个潜伏分离位点的9种miRNAs,他们证明circHIPK3间接分离miR-124,并抑止了miR-124活性。这些研讨成果供给了令人信服的证据证明由前体mRNA消费的环状RNA在人类细胞中阐扬了主要的调控感化。

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图1. 人类一般和癌症构造中的环状RNA图谱

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图2. 人类细胞中环状RNA的富集阐发。

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